2006年度国家科学技术奖日前揭晓，南京地区共有25个项目获奖（其中，其他项目5项），占江苏全省获奖项目总数的78％，其中驻宁单位为第一完成人的项目达13项（不含其他项目）。南京大学闵乃本院士等完成的“介电体超晶格材料的设计、制备、性能和应用”项目，是自1999年国家奖励制度改革以来，内地高校独立完成的第一个国家自然科学奖一等奖，填补了我国多年来该奖项的空白；中科院南京地理与湖泊研究所完成的“湖泊沉积与区域环境变化”、南京航空航天大学完成的“振动控制系统的非线性动力学”获得国家自然科学奖二等奖；南京林业大学完成的“农林废弃物生物降解制备低聚木糖技术”获国家技术发明奖二等奖；南京林业大学等单位完成“竹质工程材料制造关键技术研究与示范”获得国家科技进步奖一等奖，南京南瑞继保电气有限公司和国电自动化研究院完成的“RCS-900电力系统高压大容量主设备保护”、南京大学和南京金鹰软件系统有限公司完成的“对象化与主体化的软件协同技术、平台与应用”、南京农业大学等单位完成的“小麦籽粒品质形成机理及调优栽培技术的研究与应用”等15个项目获得国家科技进步二等奖。